Der Hochaltar ist eine Rokokoanlage und wurde 1755 für die Ellinger Franziskanerkirche geschaffen. Bei deren Profanierung konnte er 1818 erworben und mit den 1788 vom Ellinger Hofschreiner Dominikus Biber geschaffenen Teilen, wie Tabernakel, Antependium, Rahmen für das Altargemälde, als neue Einheit zusammengefügt werden. Zwei Säulen tragen den malerischen Auszug mit dem plastischen Herzen Jesu und Mariä in der Engelsgloriole. Die beiden Vasen rechts und links vollenden die Eleganz der Altarbekrönung. Das nachgedunkelte Hochaltarbild von Franz Ludwig Herrmann aus Konstanz stellt den Kirchenpatron, den jugendlichen heiligen Märtyrer und Vitus im Ölkessel dar. In der Kartusche darüber lesen wir. "St. Vitus, ora pro nobis - Hl. Vitus, bitte für uns." Der Tabernakel mit den anbetenden Engeln (um 1730) wird abgeschlossen vom "Pelikan, seine Jungen mit seinem Blut aus geöffneter Brust nährend, altes Sinnbild des für die Erlösung der Menschen sich hingebenden Heilandes" (Pfleiderer, Attribute der Heiligen, Ulm 1898, S. 124). Die Figuren des heiligen Nikolaus mit drei goldenen Kugeln und der hl. Katharina mit dem Rad links und rechts vom Hochaltar, Anfang 16. Jahrhundert, stammen wohl aus der Vorgängerkirche.
